Guerra de reforma y sus consecuencias

El fin de la guerra le concedió el triunfo a los liberales y el Presidente Benito Juárez instauró su gobierno en la Ciudad de México. El Congreso Constituyente elaboró una nueva constitución y se realizaron elecciones para poderes federales y estatales. Las legislaturas estatales configuraron las constituciones de cada estado de acuerdo con la Constitución nacional. El primer Congreso Constitucional trabajó bajo estos principios a partir de 1857.

Cada estado de la República decidió su postura, dividiendo al país en dos: los que apoyaban al Plan de Tacubaya y los que defendían el orden constitucional. Comonfort se negó a las exigencias de los conservadores, quienes lo presionaba para derogar las reformas liberales. El presidente prefirió promover una reconciliación con el ala liberal, comenzando por liberar de prisión a Juárez y luego librando enfrentamientos armados contra los conservadores. Los resultados de su fallida resistencia lo llevaron a renunciar a la lucha y decidió abandonar el país, ahora inmerso en una guerra civil. 
De esta guerra surgieron dos gobiernos, uno encabezado por Benito Juárez defendiendo el orden constitucional y otro por Félix Zuloaga, optando por su destrucción.

Juárez reaccionó con leyes que modificaron sustancialmente e iniciaron una nueva era en la vida política, económica y cultural del país. Estas leyes fueron finalmente decretadas en Veracruz, conocidas como Leyes de Reforma. Éstas establecieron la separación de la Iglesia y el Estado. En 1859 promulgó la Ley de Nacionalización de los Bienes Eclesiásticos; la Ley del Matrimonio Civil; la Ley Orgánica del Registro Civil; la Ley sobre el Estado Civil de las Personas y el decreto que cesó toda intervención del clero en cementerios y camposantos. También reglamentó los días festivos y prohibió la asistencia oficial a las funciones de la Iglesia. En 1860 expidió la Ley sobre Libertad de Cultos. 

El hecho que determinó el resultado de la contienda y puso fin a esta guerra civil sucedió en 1859, cuando el gobierno de Washington reconoció al de Juárez y lo apoyó con grandes recursos materiales y económicos. El 1 de enero de 1861, Juárez entró triunfalmente a la capital del país. 

Aunque las luchas entre conservadores y liberales no llegaron a su fin con la victoria de Benito Juárez, la denominada guerra de Reforma terminó con la llegada al poder de éste, quien fue elegido presidente de la República en junio de 1861.